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李冠云：阙里孔庙建制史略
鲁哀公十六年（前479），孔子卒。孔子身后，孔庙始设于何时、又由何人而始建，先秦文献并无记载。《孔子家语》的说法是孔子去世后的第二年、即鲁哀公十七年立庙于孔子旧宅，并设守陵庙百户。孔子四十七代孙孔传所撰《东家杂记》和五十一代孙孔元措的《孔氏祖庭广记》亦均据此为孔子立庙之始。但最早见诸正史的孔庙原始记载，则是司马迁的《史记》。《史记·孔子世家》云：“故所居堂弟子内，后世因庙藏孔子衣冠琴车书，至于汉二百年余年不绝。”太史公曾亲谒阙里，自为其所亲见，这就是说孔庙是因孔子旧宅而设之。但此处关于孔庙始建之年，史公并未详及。另按《史记》所说，汉高祖十二年冬十一月，“高皇帝过鲁，以太牢祠焉。诸侯卿相至,常先谒然后从政”,则其时当已有庙可知，以此推之，则最早的孔庙当在秦汉前即已有之应属无疑。除《史记》之外，关于早期孔庙的原始说法，在《礼记》、《水经注》中也有类似记载。而这其中又尤以郦道元《水经注》所述为详：“庙屋三间，夫子在西间东向，颜母在中间南向，夫人隔东一间东向。夫人床前有石砚一枚，作甚朴，云平生时物也。”综考史乘诸说，盖当以孔子六十九代孙孔继汾所撰《阙里文献考》所说为允：“先圣之没也，弟子葬于鲁城北泗上。既葬，后世子孙即所居之堂为庙，世世祀之。然茔不过百亩，封不过三版，祠宇不过三间，历代嗣加恢扩，日就宏丽。”
综上，这种“依庙为宅，庙宅合一”的情况，就是最早的原始孔庙情况，而这原始孔庙的情况则又关乎“阙里”的具体位置。《史记·孔子世家》云：“孔子生鲁昌平乡陬邑。”唐司马贞《史记索隐》：“孔子居鲁之邹邑昌平乡之阙里也。”“阙里”，为古鲁城西南隅的一个小街巷，街北端即为孔子故宅。班固《汉书·梅福传》：“今仲尼之庙不出阙里。”范晔《后汉书·郡国志》说：“鲁国，古奄国。……有阙里，孔子所居。”北魏郦道元《水经注·泗水》云：“夫子教于洙泗之间，今于城北二水之中，即夫子领徒之所也。《从征记》曰‘洙泗二水，交于鲁城东北十七里。阙里背洙面泗，南北百二十步，东西六十步，四门各有石阃。北门去洙水百步余。’……《春秋》定公十二年，公山不狃帅费人攻鲁，公入季氏之宫，登武子之台也。台之西北二里，有周公台，高五丈，周五十步。台南四里许，则孔庙，即夫子之故宅也。宅大一顷，所居之堂，后世以为庙。”唐李泰《括地志》云：“兖州曲阜县城西南三里有阙里，中有孔子宅，宅中有庙。”直到顾炎武《旧知录》亦云：“《水经注》‘孔庙东南五百步有双石阙，故名阙里。’……《史记鲁周公世家》‘炀公筑茅阙门。盖阙门之下，其里即名阙里，而夫子之宅在焉。’亦谓之阙党，《鲁论》有阙党童子，《荀子》仲尼居于阙党，是也。”而明人陈镐所纂《阙里志》卷十一则云：
汉晋春秋曰阙里者，夫子之故宅也，在鲁城中。又云鲁城有二石阙，曰阙里，盖里门也。按阙里辩云，古今称阙里者其说各异，所言二石阙曰阙里其谬远矣。自先圣作春秋成，号称素王，阙里者，素王之庭除也。不曰乡里而曰阙里，盖谓圣人讲道之庭除，诸弟子尊称也。历代帝王之庭曰帝阙、曰金阙、曰玉阙、曰凤阙，皆庭，帝之称也。圣人之庭曰阙里，以别郡祠之称耳。
文献记载上对“阙里”的说法，虽有争论，但仍以此一系为主。清初著名考据学大家阎若璩则反对这一说法，他认为“孔子始教学于闾里，……乃是闾字非阙字。”后世所谓的“阙”字是因鲁恭王之治宫室，建有双阙，后世因以名之。且附录于此，可备一说。
按，鲁国故城在今曲阜城的东北方向，今城位于鲁故城的西南一带。今天的曲阜城乃明嘉靖元年“移城卫庙”所定，城东六里许有旧城村，为宋大中祥符年间仙源故城所在。宋金之时的孔子五十一代孙孔元措所撰《孔氏祖庭广记》云“庙在旧曲阜县西南二里”，则可知汉唐时的曲阜城当在今曲阜城偏东南位置。又以北宋《太平寰宇记》所言阙里在曲阜县西南三里徵之，汉唐旧城故址则约略可知。汉景帝时，鲁恭王“好治宫室，坏孔子旧宅以广其宫，闻钟磬琴瑟之声，遂不敢复坏，于其壁中得古文经传。”又，汉王延寿《鲁灵光殿赋》序云：“初，恭王始都下国好治宫室，遂因鲁僖基兆而营焉。”晋张载注：“昔鲁僖公使大夫公子奚斯，上新姜嫄之庙，下治文公之宫，故曰遂因鲁僖兆基而营焉。”其鲁太庙旧址为汉鲁恭王灵光殿所夺亦可知。鲁太庙旧址，即今城东南隅古泮池之北，清乾隆行宫之遗址。据此，盖“阙里”的大致情况，郦道元《水经注》所云“孔庙东南五百步有双石阙，即灵光之南阙，北百余步即灵光殿基”，当为中肯。
通过历史来看，阙里孔子庙在建制规格上经历了由简至繁、从朴素到尊贵的逐步变化趋势。自汉高祖十二年刘邦过鲁以太牢祀孔子，平帝元始元年（西元1年）又追谥孔子“褒成宣尼公”，此后，阙里圣庙备受尊崇和重视。东汉建武五年（29），光武帝过阙里致祭孔子，此后汉明帝、章帝、安帝也均曾先后至阙里祭祀孔子。帝王尊崇孔子，地方有司就会刻意保护孔庙。明帝永平中，鲁相钟离意曾出私钱万三千，付户曹孔䜣治夫子车，但在汉献帝时遇火被焚。桓帝元嘉三年（153），因鲁相乙瑛所请，“财出王家钱”，为孔庙设百石卒吏一人，专门负责主持守庙。桓帝永寿二年（156），鲁相韩勅“修饰宅庙”，“造立礼器。”灵帝建宁元年（168），鲁相史晨甫就任即行谒庙之礼，礼孔子宅，拜谒神座。礼毕则“补完里中道之周左墙垣坏决，作屋涂色，修通大沟”，又命仇誧刘耽等补治阙里墙垣，修饰屋宇，疏通里中水沟，使之西流向南注入城池。但儒术之式微，自汉末即已开始。汉末丧乱，百制陵夷，孔子旧宅在汉献帝时又“遇火被焚”，是以造成“天下大乱，百祀堕坏。旧居之庙，毁而不修”。这种局面，要到魏文帝曹丕之时才被改变。魏文帝黄初元年（220），曹丕“令鲁郡修起旧庙，置百石吏卒以守卫之。又于其外广为屋宇，以居学者”。不过当时对孔庙的规模并未扩大，所以郦道元在《水经注》中明言仍是“庙屋三间”。魏文帝修复阙里孔子庙，距汉末不过三十余年，阙里已废绝如此，但随之而来的西晋之乱使阙里再度被寇，庙貌荒残，几近百年。东晋孝武帝太元十年（385）清河人李辽“路经阙里，过觐孔庙，庭宇倾顿，轨式颓弛，万世宗匠，忽焉沦废，仰瞻俯慨，不觉涕流。”故太元十四年（389）十一月，应李辽之请，司马曜“兴复圣祀，修建讲学”，于是勅下兖州鲁郡，准旧营饰，修复孔子庙，并颁《六经》。刘宋文帝元嘉十九年（442）冬十二月，再诏修先圣庙，给祠置令，以便四时飨祀，“并下鲁郡修复学舍，采召生徒”。东魏孝静帝兴和三年（541），兖州刺史李珽命工雕素圣容，旁侍十子。北齐文宣帝天保元年（550）夏六月，“诏鲁郡以时治修孔子庙宇，务尽崇焕”。魏晋南北朝时期，鼎祚迭移，战乱频仍，民生困穷，有司自顾不暇，此时的阙里孔庙虽不乏时有修缮之举，但于庙制实无改观。阙里孔庙庙制的焕然而变，要到隋唐以后。隋炀帝大业七年（611），曲阜县令陈叔毅修阙里孔子庙后，庙况为之而变：“粉壁椒涂，丹楹刻桷，可谓神之所至，无所不为。……寝庙孔硕，灵祠赫奕。圆渊方井，绮窗画壁。”唐高祖武德九年（626），诏令经营孔庙旧址，虞世南记曰：“万雉斯建，百堵皆兴。揆日占星，式规大壮。凤甍骞其特起，龙桷俨以临空。霞入绮寮，日晖丹槛。窅窅崇邃，悠悠虚白。图真写状，妙绝人功。象设已陈，肃焉如在。握文履度，复见仪形。”唐太宗贞观十一年（637）秋七月，尊孔子为尼父，又诏兖州作阙里孔子庙。但仅仅二十九年之后，至高宗乾封元年（666）东封泰山时，遣司稼正卿扶馀隆致祭先圣孔宣父，却是堂宇卑陋，于是乾封二年（667），兖州都督霍王李元轨遂承制再修阙里孔子庙。此次修葺，是为阙里孔庙有史以来第一次大规模改建，时吏部郎中崔行功撰《赠太师鲁国孔宣公碑》以记之。玄宗开元六年（718），兖州牧韦元圭和孔子三十五代孙褒圣侯孔燧之、及县令田思昭修阙里孔子庙，“树缭垣以设防”。开元十三年（725）玄宗泰山封禅后幸孔子宅，“遣使以太牢祭其墓，复给近墓五户。令天下州县立庙。赐百户充春秋享奠，因广大本庙。”此后，唐代宗大历八年（773）、懿宗咸通十年（869），又数修阙里孔庙。经过隋唐之时的扩建，阙里孔庙已颇具规模。孔子第六十六代孙孔毓圻等撰《幸鲁盛典》总结云：“至唐，扩正庙为五间，两庑二十余间，后为寝庙，前为庙门，规制大荐。”孔尚任《阙里（新）志》亦云：“正庙五间，祀文宣王，南向坐，颜子面西，配闵子以下十哲及曾子，东西列坐，皆为塑像。两庑二十余间，祀七十二贤，图绘于壁上。庙后为寝庙，祀亓官夫人。前为庙门三间，甚壮丽。”
经过唐末至五代长时期的社会动荡，有宋之兴，重文之风乃盛，宋太祖奖励儒学，《宋史纪事本末》载太祖曾谓侍臣之言：“朕欲尽令武臣读书，知为治之道。”赵宋一朝推崇儒学伦理纲常，尊孔崇儒是宋代国家文教政策的核心。在这种思想和审视下，表现在对孔子的尊崇上就更为显著，是以宋代为孔庙建制大为完备的时期。宋太祖建隆元年（960），太祖谒国子监孔子庙，诏增修祠宇，绘先圣先贤先儒像，释奠用《永安》之乐。建隆三年，“赐御制赞曰：王泽下衰，文武将坠。尼父挺生，河海标异。祖述尧舜，有德无位。哲人其萎，凤鸟不至。”又“诏文宣王庙定仪制，令立戟十六枚。”今按，门前列戟乃远承古车宫之遗意，《周礼·天官·掌舍》职：“掌王之会同之舍，设梐枑再重。设车宫，辕门。为坛壝宫，棘门。”梐枑，是古代木制的警戒设施，置于宫舍门外，拦阻人马。亦称互，或称闲。汉时称行马。车宫，则是驻车排列以为屏藩。辕门是两车仰起，车辕相向搭在一起，构成门的形状。在先秦时期，王者有会同之礼，这种规制乃古之王者军旅、会同之时，于驻跸之处的一种安全措施和威仪制度。后世遂引为制度，以彰威仪。如《隋书》记载隋朝时候“时制三品以上，门皆列戟。”《唐六典》则记载了唐代的制度：“凡太庙、太社、及诸宫殿门，东宫及一品以下、诸州门，施戟有差：凡太庙、太社及诸宫殿门，各二十四戟；东宫诸门，施十八戟；正一品门，十六戟。”又，《资治通鉴·唐僖宗光启三年》胡三省注亦云：“唐设戟之制，庙社宫殿之门二十有四，东宫之门一十有八，一品之门十六。”孔庙立戟十六枚，此乃唐宋一品之礼，宋太祖时期的这个改变，是为孔庙建制史上一个重要里程碑。而后来再至徽宗大观四年（1110）则又提高至立戟二十四枚，则又直接提升为王者制度。太宗太平兴国八年（983），“帝御便殿，顾廷臣曰，朕嗣位以来，咸秩无文遍修群祀，惟鲁之夫子庙堂未加营葺，阙孰甚焉。乃诏大将作庀材鸠工，复命内侍二人董其役。”此次修缮，吕蒙正为文记之：“乃鼎修规，革旧制”，“缭垣云矗，飞檐翼张”，“回廊复殿，一变维新”。真宗承祖制提倡尊孔崇儒，并规定科举考试要考儒学经典，大中祥符元年（1008），真宗过曲阜谒孔庙，“赐孔子庙经史，又赐太宗御制御书一百五十卷，藏于庙中书楼。……二年，春二月，诏立孔子庙学舍。三月颁孔子庙桓圭一，加冕九旒，服九章，从上公制。夏五月，诏追封孔子弟子，秋七月加左丘明等十九人封爵。……三年（1010年）颁释奠仪注及祭器图，建庙学”。虽然由唐讫宋朝廷对阙里孔庙尊崇优渥，但根据文献记载来看，真宗大中祥符元年已加谥孔子为“玄圣文宣王”爵号，显然此时的阙里庙制于礼不合、与爵不称。于是遂有天禧二年（1018），时大理寺丞兼知仙源县、孔子四十五代孙孔道辅上奏称“曲阜祖庙，卑陋不称，请加修崇”，这一请求获得批准，真宗命道辅主其事，诏转运使以官钱葺之。天禧五年（1021），孔道辅“又请得封禅行殿余材”修圣庙，孔道辅所请得的封禅行殿余材，皆橡、樟、楩、梓之属，乃大扩旧制，增广殿庭。乾兴元年（1022），移大殿于后，讲堂旧基不欲毁拆，即以砖为坛，环植以杏，名曰杏坛，又于坛前建御赞殿以容真宗赞孔子碑。经过这次扩建，阙里孔庙焕然改观：
庙门三重，次书楼，次唐宋碑亭各一，次仪门，次御赞殿，次杏坛。坛后乃正殿，又后郓国夫人殿。殿东庑为泗水侯殿，西庑为沂水侯殿。正殿西庑门外为齐国公殿，其后为鲁国太夫人殿。正殿东庑门外曰燕申门，其内曰斋厅，厅后曰金丝堂。堂后则家庙，左则神厨。由斋厅而东南为客馆，直北曰袭封视事厅，厅后为恩庆堂。其东北隅曰双桂堂。凡增广殿庭廊庑三百六十间。（《阙里文献考·卷十二》）
经过此次扩大旧制的阙里孔庙庙制已颇具规模，共前后四进院落，东、中、西三路并行，今之格局已初步底定，后世的扩建格局也均基本定位于此。仁宗景祐四年（1037）修建讲学堂；次年，孔道辅又于正殿之西建五贤堂，祀孟子、荀卿、扬雄、王通、韩愈五人。嘉祐六年（1061），仁宗又颁御书金字篆书“宣圣庙”和飞帛书“大成殿”匾额。此后，神宗元丰元年（1078），诏兖州以省钱修葺阙里宣圣庙，五年冬十一月，又赐度牒三十本，差本路兵士、工匠，令四十七代孙新泰令若升监修之。哲宗绍圣三年（1096），勅令转运使省钱三千贯修葺阙里孔子庙。自赵宋开国以来，经过几代人相继的兴修的阙里孔子庙，却旋即再遭兵燹。孔子第四十九代孙、金代孔璋在《续编祖庭广记跋》中说：“值建炎之事，庙宇与书籍俱为灰烬。”
《孔氏祖庭广记》中的宋代阙里庙制图
金国上层之士毕竟有远见者，深知欲立足中原，必须依靠孔子思想，于是旋即调整思路，于天会五年（1127），金睿宗完颜宗尧进驻燕京后，戎马未息即建太学，修建国子监。天会七年（1129），“大军入山东，兖州坚壁而守。是时睿宗为都元帅，次城下谕以祸福，戒军士以夫子所生之地，不得剽夺。十八日抚定退师，十九日命曲阜知县衡雄与县吏等引诣宣圣庙。既至庙庭，以建炎群寇之火皆为灰烬，而殿火犹未熄。元帅乃登杏坛，望殿火奠拜”。金皇统二年（1142），勅行台支拨钱四万千贯，委曲阜县主簿孔环监督工役。禁官私侵占先圣庙地者，载于制条，为不刊之典，并免去孔氏赋役。四年（1144），令于行省再拨钱一万四千五百贯、发南京八作司见材以助工役。九年（1149），修正殿。金废帝正隆二年（1157），又以羡钱修庙廊及齐国公殿，但此次维修规模不大，被毁建筑也未得到完全复建。宋金对峙，时局的动荡必然又造成林庙的颓敝，世宗大定十九年（1179），孔子第五十代孙孔摠其看到林庙残破而深感不安，遂亲率佃户东之蒙山，伐材取木，增修寝殿及尼防殿宇廊庑五十余楹。金代名臣党怀英在孔摠去世后，所撰《金故赠正奉大夫袭封衍圣公孔公墓表》云：“起西庙、尼山两处郓国夫人殿及大中门、家庙、斋厅、祭祀库计五十余楹，彩饰图绘毕备。”章宗明昌元年（1190），以“夫子设教洙泗，有天下者所当取法。今遗祠久不加葺，且隘陋不足以称圣师之居”，乃拨钱七万六千四百多缗，命干臣领其役，大修阙里圣庙，于明昌二年春兴工，至明昌五年秋告竣。此次扩建后的阙里孔庙“凡为殿堂、廊庑、门亭、斋厨、黉舍，合三百六十余楹。位序有次，像设有仪。表以杰阁，周以崇垣。至于楃座栏楯、帘櫎罘罳之属，随所宜设，莫不严具。三分其役，因旧以完葺者才居其一，而增创者倍之”，并以捏塑易两庑群弟子及先儒画像，并增置祭田六十五顷，又始赐奎文阁之名。明昌二年的修缮，是为宋天禧二年之后，阙里孔庙再次大规模扩建。金代从熙宗皇统二年（1142）至章宗明昌五年（1194）的五十余年间，修阙里孔庙凡八次。此时的阙里孔庙基本保持了宋代的格局，但部分建筑规模却有所扩大，新建大中门、棂星门，且始用琉璃瓦，殿庑均以绿琉璃瓦剪边，青绿彩画，朱漆栏槛，檐柱亦改为石质，并雕龙为饰，使阙里庙制大为提高。可惜的是，此一耗费巨大人力物力的工程，在旋即南下的蒙古铁蹄下，庙貌又复残毁，率多化为灰烬。“阙里祠宇，毁于金季之乱，阁号奎文，若大中门闼，存者无几。”
《孔氏祖庭广记》中的金代阙里庙制图
金贞祐二年（1214），蒙古兵南下中原至曲阜，圣庙再遭兵燹，“殿堂廊庑灰烬什五”。元太宗窝阔台九年（1237），诏令孔子第五十一代孙、衍圣公孔元措修阙里孔子庙，“官给其费”，但这次维修仅复建寝殿，暂寓先圣及十哲像而已。元世祖中统二年（1261）六月，诏“宣圣庙及管内书院，有司岁时致祭，月朔释奠，禁诸官员使臣军马，毋得侵扰亵渎，违者加罪”。至元四年（1267），因孔子第五十三代孙、曲阜县尹孔治不忍庙貌残缺，上奏请求修庙。获拨白金五十两，恢复奎文阁。创环廊，易木柱为石柱，重修庙墙、杏坛、斋厅、学校等。但这次维修也仅仅是“即其旧而新之，礼殿则未遑也”。大德元年（1297），济宁路达鲁花赤按檀不花“行部至曲阜，睹祠宇荒凉，上言愿自出资修葺。御史台言，曲阜林庙非他处比，修理盛事当出自朝廷，不可使臣下独专其美。不许所请”。四年，工部再上言请修，遂于秋八月兴工，冬十二月又以“不急之役”而诏罢，因而中止。明年，济宁路达鲁花赤按檀不花以奉诏书停工时工役已及八分，仍请修建。这一颇具周折的修缮工程，终于在元成宗大德六年九月而告竣。同时，这也是元代规模最大的一次维修。阎复撰碑文记之曰：“缔构坚贞，规模壮丽，大小以楹计者百二十有六，赀用以缗计者十万有奇。”元文宗天历二年（1329），又因“圣庙岁久渐坏，勅济宁路出官钱五万二千余缗修葺”。至顺二年（1331），孔子第五十四代孙、衍圣公孔思晦奏请因前朝故事，四隅建角楼，仿王宫制度。诏从之。文宗赐给山东盐课及江西、浙江两省学田岁入中统楮币三十一万四千四百缗，诏济宁路督修孔子庙，于顺帝至元二年（1336）落成，至正元年（1341）树碑以记其事。
有元一代，阙里孔庙修葺者凡十三次，而圣庙之兴，实则孔思晦之功。《元史·孔思晦传》云：“初，庙毁于兵，后虽苟完，而角楼围墙未备，思晦竭力营度以复其旧。金丝堂坏，又一新之。祭器礼服，悉加整饬。又以尼山乃毓圣之地，故有庙，已毁，民冒耕祭田且百年，思晦复其田，且请置尼山书院，以列于学官，朝廷从之。”但元代的庙制详情未见文献记载，孔尚任《阙里（新）志》记有明洪武十一年重新修复的庙制情况，通过洪武十一年的庙貌则基本可以看到元代孔庙形制：
大门三间，门内大中门三间，大中门内宋时旧庙门三间，谓之三门，左右具有回廊。门北为奎文阁，阁左便门内唐元碑亭二座。
宋碑亭东为毓粹门，门内北为燕申门。燕申门内左曰庙库，右曰松亭，正北曰诗礼堂，后曰金丝堂，又后为中兴家庙，庙后为燕申堂。
唐碑亭西为观德门，门内北为启圣门。启圣门内右曰庙库，左曰筠亭，正北曰五贤堂，又后为启圣王殿，殿后启圣王夫人颜氏殿。
奎文阁后正中曰大成门，门内为御赞殿，殿北为杏坛，左为东庑，右为西庑，正中曰大成殿，即正庙也。殿后为寝殿，祀夫人亓官氏。寝殿东为泗水侯殿，西为沂水侯殿。寝殿后左右便门内为神厨、牲房、焚帛所。
四直崇垣，四隅角楼，备王宫之制也。
较之金代庙制，元代孔庙增建了大门，东路添建燕申堂，西路则省去了毓圣侯殿，并移五贤堂面南。庙制更趋规整。
阙里孔庙建制大发展的重要时期，非明代莫属，现存阙里孔庙建筑群大体轮廓即底定于此时。有明一代修葺阙里圣庙计二十三次，其间又尤以明孝宗弘治十二年之修为最，阙里孔庙今之规模即此时所底定。
帝王之务，莫重于礼。有明之兴，首开礼局。明太祖虔礼重祀之诚实度越前代，洪武元年二月丁未，即诏以太牢祀先师孔子于国学，并遣使诣阙里致祭。使行，太祖谓之曰：
仲尼之道，广大悠久，与天地相并，故后世有天下者，莫不致敬尽礼，修其祀事。朕今为天下主，期在明教化，以行先圣之道。今既释奠国学，仍遣尔修祀事于阙里，尔其敬之。（《明太祖实录·卷三十》）
元末战乱，阙里圣庙隳坏颓敝。洪武七年（1374）春，孔子第五十六代孙、衍圣公孔希学奏请修治，太祖诏从之，后因水患，迟至洪武十年鸠工，于次年落成。此次修葺，计补塑圣像、重建正殿左右回廊十八间、东庑三十三间、三氏学生员房舍二十二间。明太祖也殊为重视阙里孔庙的庙貌情况，于洪武二十年（1387）春，诏工部派遣千余名工匠再修圣庙，《阙里文献考》记载了时太祖对工部侍郎秦逵的一席谈：
春秋时，人纪废坏。孔子以至圣之资，删述六经，使先王之道晦而复明，万世永赖，功莫大焉。夫食粟则思树艺之先，衣帛则思蚕缫之始，皆重其所从出也。孔子之功与天地并立，故朕命天下通祀，以致崇报之意。而阙里先师降神之地，庙宇废而不修，将何以妥神灵昭来世？尔工部其即为修理以副朕怀。”（《阙里文献考·卷十二》）
明太祖尊崇孔子之意非但度越前代，也更为其后继者视为成宪亦步亦趋。永乐九年（1411），孔子第五十九代嫡孙、衍圣公孔彦缙咨文工部，请修阙里孔庙。成祖很快就批准了这个请求，“往命有司，撤其旧而新之。”命行人司督率囚徒维修阙里孔子庙，后来又感觉囚徒维修孔庙不妥，遂谕工部说：“孔庙至敬之处，囚徒作践不便，令山东布政司官一员率民三千人往修，务期坚固。”这次修葺于永乐十年开工，计修廊庑楼阁二百七十余楹，将阙里孔庙向南扩展，增建棂星门及德侔天地、道贯古今二坊，大门（今圣时门）三洞，石桥（今碧水桥）三座，迨十五年夏五月工竣，御制碑文以纪成。维修后的阙里孔庙，咸若一新，“宏邃壮观”。永乐九年的这次修缮非但奠定了今日阙里孔庙之规模，也是自宋天禧二年之后第三次大规模扩建。此后，宣宗宣德九年（1434），工部侍郎周忱及苏州知府况钟损赀成美，捐资重建金丝堂。宪宗即位后亦命重修阙里圣庙，“去故易新”，规模“视旧有加”，工竣后于成化四年（1468），在大成门之南，洪武、永乐碑之东，树碑建亭以记其事。成化十六年（1480）春二月，诏过孔庙者毋骑。又因孔子六十一代孙、代袭衍圣公孔弘泰之请，宪宗“命有司作新，凡殿堂廊庑门庭斋厨黉宫等三百五十八楹，规制一新。”增广庙制，扩正殿为九间，计耗公帑货财十余万金，至二十三年乃成。维修后的阙里圣庙“柱石镂以龙凤之形，轮奂绘以金碧之色。”这次维修是明兴以来，阙里圣庙规模最大、质量最高的一次修建，也是自宋代以来的第四次大规模扩建。其最突出的改观是庙制的扩大，大成殿由面阔七间变为九间。据孔尚任《阙里（新）志》的记载，维修后的孔庙规模是：
大成殿九间，重檐石柱。寝殿七间。寝殿之左转角便门后为望瘗所，稍东为神厨；寝殿之右转角便门后为望燎所，稍西为神疱；寝殿前改泗水侯殿为左厢，贮礼器几案等；改沂国公殿为右厢，贮乐器悬架等。东连便门一间通述圣庙，西连便门一间通启圣庙。东庑五十间祀澹台灭明以下诸贤，西庑五十间祀宓不齐以下诸贤。前为杏坛，重檐八角，朱槛两层。坛前为拜位。又前御赞殿，前为大成门五间，左为金声门三间与东庑连檐，右为玉振门三间与西庑连檐。门前左有元至正碑亭、宋金碑亭，右有元大德碑亭、唐碑亭。
碑亭东为居仁门三间，又东毓粹门三间。两门之中南向为述圣门，门左右有榜棚。门内东有礼器库九间，西有松亭一座，北为诗礼堂。堂后有一照墙，后为述圣庙门，左右均有便门，门内述圣殿七间，祀泗水侯、沂国述圣公及中兴祖等。殿后燕申堂五间，后有高垣与神厨隔。
碑亭西为由义门三间，又西观德门三间。两门之中南向为启圣门，门左右建有榜棚。门内西有乐器库九间，东有筠亭一座，北为金丝堂，由五贤堂改建。堂后照墙一堵，后为启圣庙门，左右俱有便门。门内启圣殿七间，祀启圣王等。殿后寝殿五间，祀启圣王夫人，后有高垣与神庖隔。
大成门直前为奎文阁，三层七间。阁左掖门三间，东连直房十五间，为学生族人斋宿之所；阁右掖门三间，西连直房十五间，为礼乐生户丁斋宿之所。
阁前旧庙门三间，东西有洪武、永乐碑亭。其左为家庙，正门一间，南向。正庙五间，东西二厢谓之别室，其后为寝庙；其右为神祠，正门一间，南向，正祠五间，东西二厢谓之别室，其后为寝庙。家庙神祠门外有东西二门，通庙外。
其前为大中门三间，大中门之外有典籍、司乐、管勾、百户办事厅，各有外门一间，东向，正厅三间，左右厢房各三间、后房三间。
大中门前又三门三间，碧水一曲，石桥三座。又前大门三间，均为圆洞。东西牌坊各三间，前为棂星门，左右立下马碑。
但刚维修一新的阙里孔庙却于孝宗弘治十二年（1499）夏六月甲辰，遭到一次毁灭性的火灾，是夜子时，雷雨交作，火自宣圣家庙东北角起，延烧大成殿、寝殿、两庑等凡一百二十三间，“比遭回禄，煨烬糜遗”，这次火灾使阙里圣庙主要建筑几乎全部被毁，大成门内仅杏坛幸免。灾报到京，宪宗震骇，在唏嘘“斯文在兹，胡天弗吊”的同时，急发帑银十五万二千六百两有奇，重建正殿九间、寝殿七间、大成门家庙启圣殿金丝堂诗礼堂各五间，移金丝堂于启圣殿前，改奎文阁为七间，改大门及大中门为五间，增快睹、仰高二门。此次修葺，经始于弘治十三年春二月，落成于十七年夏五月，帝亲制碑文以纪成功。时人黄绣作《重修阙里庙图》，李东阳序其耑：
庙之制：中为大成殿十楹，崇八丈，邃有奇，广倍其半。为左右庑百余楹，后为寝殿八楹。前为杏坛，又前为奎文阁，楹视寝数，崇略与殿等。又前为门四重，中为桥三。殿之左为家庙，后为神厨，前为诗礼堂，为神库，又前为燕申门。殿之右，为启圣王殿，后为寝，前为金丝堂，又前为启圣门。前左右为斋室，室之外为快睹仰高二门，与观德毓粹二门而四。又左右为钟鼓楼，与角楼而六。阁之前后，为碑亭各四，前四亭则本朝御制，而祝勅诸文皆附焉。惟坛及楼及中门仍旧，自余或创或益，并从新制。（《怀麓堂集·卷九六》）
此时的庙貌情况，也可见于时山东巡抚徐源在工竣后上奏朝廷的奏折之说：
臣等钦依事理，委官专修孔子庙，照依原议规制间数，逐一修建完备。改造奎文旧阁七间，三檐。再，庙傍原有毓粹、观德二门以通出入，因逼进庙基，街路短促，不称趋谒。今于前门少北各建东、西门一座，三间，匾曰快睹、仰高。又，前门并二门原止三间，今改建大门、大中门各五间，与庙前宇后掩映相称。桥梁阶级焕然鼎新，杏坛碑额亦皆彩绘俱完。其大成殿九间、寝殿七间，俱两檐。大成门、家庙、启圣庙、启圣殿、金丝、诗礼堂各五间，两庑连廊共一百间，启圣寝殿三间，神厨二十四间，库房九间，碑亭二座。衍圣公斋宿房十二间，奎文阁大门、中门、左右门、下至街道坊牌，无不完整，规模壮丽，工艺精致，足称瞻仰。（乾隆《曲阜县志·卷二十九》）
观此，其制已与今庙几同。从宋天禧二年以来，阙里孔庙经过至此的五次大规模扩建，方形成今庙之规模。武宗正德六年（1511），贼犯阙里，“秣马于庭，污书于池”，庙为时刘六、刘七寇乱所坏，有司出罚锾并募输助得银三万五千八百余两，于七年七月兴工修之，并“即庙为城，移县附之”，开始建设曲阜新城，至世宗嘉靖元年（1522），与新迁县城同竣工。嘉靖十七年（1538），巡抚胡缵宗于棂星门外增建金声玉振坊。二十三年（1544），巡抚曾铣又添建太和元气坊。穆宗隆庆三年（1569），巡抚姜廷颐修葺孔庙，更新杏坛，增置石楹重檐。神宗万历二十年（1592），巡按御史何出光创建圣迹殿，立石刻圣迹图百有二十幅。其后，万历二十二年、二十九年、三十六年，或以个人捐资或以香税罚锾，又曾三次小范围修葺。明代末期、尤其是万历后期的荒怠朝政，物事无问，阙里孔庙又日渐倾危。《阙里文献考》记曰：
阙里庙堂自弘治鼎建后历代间有营葺，而工大力微仅支罅漏。遭万历荒祲，益就倾圮，四十四年，四氏学学生孔尚孝等言于巡按御史毕懋康。懋康遂疏于朝，且言：“向来估计仅需十万五千两有奇，后此日甚一日所费将至巨万。窃见胡良巨马梵宇神宫无不庄严而金碧之，今议修孔庙，视佞佛而施檀越利涉而成舆梁者，其轻重缓急何如？昔汉高过鲁以太牢祀孔子，识者谓刘氏四百年基业其精神命脉盖在于此。然则皇上何惜此区区者？倘慨涣德音亟发帑金而一新之，则皇上之所以培千万世精神命脉者在此举矣。”疏入报闻，而事竟不行。（《阙里文献考·卷十二》）
明正德本《阙里志》圣庙图（摹本）
入清后，清廷以“崇圣学”作为平定山东的要策。顺治十二年（1655）、十三年、十四年，王秉乾、华承恩、施闰章等分别捐资重修奎文阁。康熙二年（1663），分守东兖道参议张弘俊倡募重修奎文阁、圣迹殿、宋元碑亭、大中门、角楼等建筑。十六年（1663），孔子第六十七代嫡孙、衍圣公孔毓圻以祭田盈余维修诗礼堂、金丝堂及大成门等十余座门坊。康熙二十三年（1684），清圣祖亲谒阙里，行三跪九叩大礼，“御书万世师表四字”，并谕“历代帝王致祀阙里，或留金银器皿。朕今亲诣行礼，务极尊崇，异与前代。所有曲柄黄盖，留之庙中，以示朕尊圣之意”。二十八年（1689）六月，衍圣公孔毓圻以孔庙渐就毁蔽，疏请修庙，以光大典。礼部议复工部，以事务繁多暂行停止。清圣祖玄烨则认为阙里圣庙崇奉先师万代瞻仰，理宜修葺，遂诏修阙里孔子庙，并立孔庙下马碑。此次维修于康熙三十年夏四月兴工，至三十二年秋八月告竣。“凡修大成等殿五十四间，大成门等门六十一间，两庑八十八间，棂星门一，牌坊二，用帑银八万六千五百两有奇。”有清一代，阙里孔庙凡修建者十四次，而尤以清世宗雍正一朝为最。雍正二年（1764）六月初九日，庙灾。时疾风骤雨，雷电交作，雷击大成殿，火自殿脊螭吻间出，并延烧寝殿、大成门、御碑亭东西二亭、启圣王殿、金丝堂等处，计烧毁前后殿庑凡一百三十三间。世宗引咎自责，素服斋居，减膳撤乐，不设卤簿，亲往国子监孔庙致祭，并遣礼部侍郎王景曾慰祭阙里。旋遣署理工部侍郎马腊、巡抚陈世倌相度修庙。于次年秋八月兴工，至八年乃竣。雍正七年春二月，谕令要求圣庙修理工程，“务期巍焕崇闳，坚致壮丽，纤悉完备，灿然一新。……倘旧制之外有应行添设者，有应加修整者，俱著估计奏闻，添发帑银葺理。丹雘总明，经理周密，毫发无憾。工成之日，朕当亲往瞻谒以展遵礼先师至诚至敬之意。又谕阙里圣庙正殿正门用黄琉璃瓦，两庑则用绿琉璃瓦，而以黄瓦镶砌屋脊。供奉塑像选用内务府匠人到东，用脱胎之法敬谨装塑。”八年，又钦定孔庙大门曰圣时，二门曰弘道。十月遣皇五子诣曲阜祭告孔子，又遣多罗淳郡王弘暻祭告崇圣祠五王。此次修缮提高了孔庙规格，大成殿改用黄色琉璃瓦，大成门及两庑、寝殿改以黄色琉璃瓦剪边，并用金龙和玺彩画，“是役也，凡用帑金十五万七千六百两有奇”。重建清圣祖玄烨御书碑亭，增添乐器库，颁御书“大成殿”匾额，御书、御制对联悬之庙堂，改棂星门石坊，宣圣庙为至圣庙，奎文阁前之参同门曰同文门，诗礼堂前之燕申门曰承圣门，颁内府新制大成殿祭器，颁镇圭及新曲柄宝盖各一，戟二十有四，修缮后的阙里庙制略同明弘治时但辉煌则过之。至此，被毁的大成殿、大成门、金声门、玉振门、东西两庑、寝殿、启圣殿、金丝堂等十九处建筑全部鼎新完备。清高宗乾隆十九年（1754），令衍圣公孔昭焕重修棂星门，易木为石。清仁宗嘉庆后期，又对阙里孔庙进行了一次全面维修。嘉庆十三年（1808）监察御史孔昭虔奏请维修颜庙，清仁宗由此而想到孔庙“自雍正年间估修以后，迄今历有岁时，恐垣墉栋宇间有渗汜之处，亦速为缮治以肃观瞻。……以副朕崇儒重道至意”。山东巡抚吉纶编造了用银十五万九千三百余两的维修预算，此次修缮于二十一年（1816）八月开工，二十四年三月告竣。历时三年，将阙里圣庙几乎全部维修一新。厥后，清穆宗同治八年（1869）、清德宗光绪二十三年（1897）又有修葺。光绪三十二年（1906），孔子祀典升为大祀，清廷拟将阙里孔庙全部改为黄瓦。但彼时的清廷已是日薄西山、国力不在，遂囿于“物力维艰，良材难得，若从新工程改造，巩固恐不如前，不如择要修理，以示尊崇。”次年更换毓粹门、观德门、德侔天地坊、道贯古今坊等建筑的木构件并改换黄瓦。这次维修至宣统二年（1910）告竣，耗银五万四千两。
民国期间，计修孔庙三次，将寝殿、同文门等易为黄瓦。1935年梁思成奉命勘察阙里孔庙，曾编制了七十九万七千元的修葺计划，但随着日寇的侵华，未能付诸实施。
由汉魏讫民国，千百年来，孔庙总共经历大修15次，中修31次，小修数百次，最终形成今日庭院九进、占地9.6公顷、建筑物104座、碑刻1172通的宏大规模。阙里孔庙大成殿，更与北京故宫太和殿、泰山岱庙天贶殿鼎足而三，是为东方三大殿之一，其尊崇之隆，海内无企及者。综上，阙里圣庙今之建制，由三个重要修建时期而底定：宋真宗天禧五年、明弘治十三年、清雍正三年。而阙里孔庙的建筑礼制，如门戟制度、大成殿之重檐庑殿顶（重檐九脊）、黄瓦歇山顶、金龙和玺彩画、蟠龙石柱，且其斗拱大于故宫太和殿斗口九厘米，及孔庙建筑群之四隅角楼、正殿正门之黄琉璃瓦等，均为天子等级、乃至超越天子规格之体现。
孔子云“为国以礼”，《礼记·哀公问》说“为政先礼，礼为政本”，《荀子·大略》亦云“礼之于国家也，如权衡之于轻重也，如绳墨之于曲直也。故，人无礼不生，事无礼不成，国家无礼不宁”。“礼”，是中国文化所独有的内容和精义。中国古代的“礼”实则是一个包罗万象的文化范畴，举凡大到国家典章制度，小到民生日用，几乎无所不具、无所不包。揆诸史籍，历史上中国人的精神世界和社会生活莫不以“礼”为支撑，在国家社会的总体发展中体现出其伦理价值与核心作用，这个特点可谓是一以贯之、极其清晰。而历史上“礼”的重要特点之一就是制度化，它以典章制度的形式把“礼”之本义及表现形式规定成明确条文。在中国古代礼仪制度中，有着关于宫室、车马、服饰、器物诸方面的明确规定，这种规定体现在建筑上，则直接制约和决定着中国古代建筑的布局、规模和式样等诸多方面。《左传·庄十八年》云“因名数不同，礼亦异数”，古代建筑的开间最高等级是九间（清代发展至十一间），其次则依次为七间、五间、三间。而大成殿则面阔九间、进深五间，其尊贵自不言而喻。又，《礼记·明堂位》云“天子五门”，三朝五门是传统宫室礼制中天子之制，阙里孔庙则从前到后依次有圣时门、弘道门、大中门、同文门、大成门，并设九进院落以彰其大者。此外，再如建筑物斗拱的踩数、台基的高度和级数、屋脊配饰的尊数也都是区分等级高低的原则标准。清雍正时期颁布的《工程做法则例》（亦称“工部律”）又以斗拱的斗口宽度为标准，分为十一等。凡此等等，这种礼制建筑、或建筑礼制，正是中国古代国家制度、礼仪政教的象征和标准，更是中国文化的重要组成部分。而这其间，阙里孔庙可谓殊为代表。孔庙的建筑寓意正是彰显孔子之道的博大高深和先师德侔天地至尊地位，同时，还是中国文化集中体现的载体，其特点就在于它与中国文化的高度统一。要之，阙里孔庙的建筑礼制，无不彰显着天下文宗、斯文在兹的最高礼制等级之尊。
自东汉桓帝元嘉三年（153）为阙里孔庙设百石卒史以守卫之，由是而降，阙里孔庙一再修缮扩建，逐渐变成一座皇宫规格的巨型祠宇。同时，随着东晋孝武帝太元九年（384）诏令“选公卿二千石子弟为生，增造庙屋一百五十五间”，于京城建设孔子庙，作为国家文教制度具体载体和象征的孔子庙庭亦走出阙里，直至最终遍布全国。同样，和阙里孔庙一样，地方文庙的建筑等级也都以尽可能高的礼制规格建造，一般也都是重檐歇山宫殿造型、红墙黄瓦皇家色彩。总之，其等级是超过地方上官府衙署的，成为当地最高级别的建筑。
作为奉祀先师孔子的阙里祖庭孔子庙，在长期的历史发展过程中形成了后世的固定形制，这也成为全国其他地方文庙的成规。一般来说，根据阙里庙制，地方文庙也都分为前部、主体建筑和附属建筑三部分：前部主要有万仞宫墙、泮池、棂星门等；主体建筑部分则是大成门、大成殿、崇圣祠、东西两庑等；附属建筑则如奎文阁、钟鼓楼、乡贤祠等等。附属建筑是根据建筑规模的等级和各地习俗不同而设，在各地也并不尽相同，但其前部和主体建筑则是全国地方文庙所共同和必备的。其主要建筑的形式和名称均师法和遵照阙里庙制，并有着明确的规定和固定的意义：泮池，为一半圆形水池。古礼，天子之学曰辟雍，诸侯之学曰泮宫，辟雍环水，泮宫则半之，乃“半天子之学”意。泮池之上设桥，名曰泮桥。棂星门，亦作“灵星门”。古天子祭祀天地先祭灵星，宋理宗景定年间，始设棂星门于孔庙以尊崇孔子，寓尊孔如尊天之意。孟子赞颂“孔子之谓集大成”，是以后世孔子被尊为“大成至圣先师”，宋徽宗崇宁三年（1104）“诏名文宣王殿曰大成”，自此，大成殿名称得以确定。此外，万仞宫墙（地方文庙亦有曰照壁者）、崇圣祠、奎文阁等亦均有其固定和明确的意义及内容，这也为全国各地文庙所共同之处。
现代阙里孔庙庙制图